En plus de son rôle de conservateur du patrimoine, la Bibliothèque est également auteur, éditeur et diffuseur de ses propres collections et de celles d'associations scientifiques avec lesquelles elle collabore (Société neuchâteloise des sciences naturelles, Société neuchâteloise de géographie, Nouvelle revue neuchâteloise, etc.). C'est notamment le cas pour les séries suivantes qui s'enrichissent régulièrement de nouvelles parutions:

Collection Patrimoine de la Bibliothèque publique et universitaire de Neuchâtel
Les Catalogues et publications de la Bibliothèque publique et universitaire